『シーズン3からのつながりと終了したSG-1とのクロスオーバー』
シーズン3の終わりで死んだと思われたウィアー博士の予想だにしなかった結末から始まり、マッケイのスランプがしばし続くシーズンです。シーズン3までに作ってきた新たなる敵対者(マイケル、レプリケーターなど)との敵対関係が顕著になり、従来の敵であったレイス種族との(一時的な)共闘が多く描かれてシーズン1・2が一体なんだったのかちょっとわからなくなります。
またSG-1の終了に伴い、ウィアー博士の結末から来るサマンサ・カーターの基地司令官就任などティルク(とチューバッカ)がメインの話があったりとジャック・オニールが何度か出てきたシーズン3に似た展開を見せ、地球でのストーリー展開なども考慮した物語が多数出てきます。
(シェパードが〇〇しててその後〇〇してた！という過去とかシェパードの背景を垣間見れる話もあり)

シーズン4の終わり方はちょっといただけないですが、逆にシーズン5の「アトランティス、〇〇へ行く！」へどうつながるのか楽しみにもなる終わり方をします。
(え？なんで！！と思ってしまう人物が出てくるので良い意味で裏切られると思います)

全体としてはSG-1を見ていない人にはわかりにくい話もあり、全米視聴率の低下をますます招く結果となったシーズン。マンネリ化防止という点では新たなる敵対者は必要かもしれないが、SG-1でもそうだが、敵はある程度一貫性があるほうが息が長い作品となることが多いのにオーライに続く失敗といわざるを得ない。
(まぁ、SG-1はリチャード・ディン・アンダーセンが主役からほぼ降板した状態になったせいもあるが･･･)